錄調(diào)控研究中公共數(shù)據(jù)整合分析思路.jpg)
08月27 代謝組主流程任務(wù)投遞說明
一、登錄百邁客云平臺
下載谷歌瀏覽器，輸入網(wǎng)址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進(jìn)入百邁客云平臺登錄界面，輸入賬號密碼登錄。賬號為手機(jī)號或者是郵箱，初始密碼為123.bmk.
二、選擇合適的分析平臺
百邁客云包含農(nóng)學(xué)和醫(yī)學(xué)兩大類分析平臺，醫(yī)學(xué)分析平臺主要針對人、鼠數(shù)據(jù)的分析，包含：轉(zhuǎn)錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測序等數(shù)據(jù)分析，以及全轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析；農(nóng)學(xué)分析平臺可以應(yīng)用到更多的物種，涵蓋轉(zhuǎn)錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數(shù)據(jù)的分析，以及全轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析等。點(diǎn)擊左側(cè)導(dǎo)航分析->農(nóng)學(xué)或者醫(yī)學(xué)打開分析平臺列表頁面，點(diǎn)擊選擇您想要使用的分析平臺，打開其詳細(xì)介紹頁面，該頁面可以看到該平臺的應(yīng)用領(lǐng)域“平臺介紹“技術(shù)背景“案例“課堂“版本記錄，點(diǎn)擊打開軟件即可進(jìn)入到參數(shù)頁面。
三、創(chuàng)建項(xiàng)目名稱
為了方便數(shù)據(jù)、任務(wù)和報(bào)告的管理，我們將同屬于一個項(xiàng)目的內(nèi)容會放到一個項(xiàng)目中，因此進(jìn)行基本分析時需要先選擇一個項(xiàng)目，如果沒有項(xiàng)目也可以點(diǎn)擊+新建先創(chuàng)建一個項(xiàng)目，見下圖。
四、選擇輸入文件
代謝定量文件：針對鑒定到的代謝物進(jìn)行定量的結(jié)果表格。制表符分隔的文本文件，第一列為代謝物ID，其他列為樣品的表達(dá)量。對格式不清楚的可點(diǎn)擊查看示例下載示例文件。（百邁客項(xiàng)目的結(jié)果文件會直接推送到客戶賬號下，文件夾名稱為合同編號，可直接導(dǎo)入使用）
五、綜合選項(xiàng)
- 流程版本：選擇最新的版本（目前為0）
- Kegg注釋物種分類：點(diǎn)擊下拉框選擇KEGG注釋所用的物種類別
- 報(bào)告名稱：可以自定義方便區(qū)分的報(bào)告名稱，可以使用默認(rèn)名稱
- 物種名稱：支持自定義物種名稱，與后期生成的任務(wù)名稱相關(guān)聯(lián)
- 標(biāo)準(zhǔn)化方式：否表示不使用歸一化，總峰面積歸一化表示每個樣本中的每個代謝物除以該樣本總的峰面積，內(nèi)標(biāo)則是每個代謝物除以內(nèi)標(biāo)代謝物的峰面積且默認(rèn)內(nèi)標(biāo)的代謝物定性名稱為IS，內(nèi)標(biāo)不參與后續(xù)的分析。（LC推薦使用總峰面積，GC推薦使用內(nèi)標(biāo)）
六、差異分組設(shè)置
根據(jù)實(shí)驗(yàn)方案設(shè)計(jì)以及樣品信息，進(jìn)行分組的設(shè)置，流程據(jù)此進(jìn)行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。
- 推薦閾值選擇：（1）差異倍數(shù)閾值1、T檢驗(yàn)p值0.05、VIP值1 （2）差異倍數(shù)閾值2、T檢驗(yàn)p值1、VIP值1
（其中vip值采用了正交偏最小二乘法判別分析（OPLS-DA），該分析會給每個代謝物一個變量投影重要度VIP值，值越大說明代謝物的差異越顯著）
- 分組設(shè)置：有幾組生物學(xué)重復(fù)就在左側(cè)的分組池中添加相應(yīng)數(shù)量的分組，再從右側(cè)的樣品池中選樣本加入相應(yīng)的分組中，1個樣本只能屬于一個分組且一個分組的樣本數(shù)目不少于2個。（這里需要修改分組名稱，分析完成后不可修改）
- 差異分組設(shè)置：根據(jù)實(shí)驗(yàn)方案設(shè)計(jì)以及樣品信息，進(jìn)行分組的設(shè)置，流程據(jù)此進(jìn)行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。（此處的參數(shù)和差異分組在后期報(bào)告?zhèn)€性化中可再次進(jìn)行修改）
七、生成標(biāo)準(zhǔn)分析報(bào)告
參數(shù)設(shè)置完成之后，可以點(diǎn)擊保存參數(shù)，方便之后進(jìn)行重新分析或者基于本次參數(shù)進(jìn)行修改后再次分析；一切準(zhǔn)備就緒后，點(diǎn)擊提交將任務(wù)提交到百邁客云計(jì)算集群上，根據(jù)不同分析平臺、不同數(shù)據(jù)量等待大概2小時到3周的時間完成項(xiàng)目分析，獲取到標(biāo)準(zhǔn)分析報(bào)告。
報(bào)告查看，點(diǎn)擊項(xiàng)目（管理）?->?我的項(xiàng)目打開項(xiàng)目列表，找到之前提交任務(wù)時選擇的項(xiàng)目，點(diǎn)擊項(xiàng)目名稱打開該項(xiàng)目，即可看到新生成的分析報(bào)告記錄，點(diǎn)擊報(bào)告名稱查看詳細(xì)報(bào)告。
點(diǎn)擊報(bào)告右上角的項(xiàng)目結(jié)果下載，可以選擇下載HTML報(bào)告、PDF報(bào)告和結(jié)果數(shù)據(jù)（尾款結(jié)清后）。HTML報(bào)告只包括分析報(bào)告的html文件及一個src文件夾，展示了部分結(jié)果；PDF報(bào)告是根據(jù)HTML報(bào)告轉(zhuǎn)換而來，方便您進(jìn)行報(bào)告打??；結(jié)果數(shù)據(jù)包含了項(xiàng)目中所有結(jié)果文件，一般比較大，會通過FTP進(jìn)行下載，請耐心等待下載。